Tên gọi của huyện Tân Châu được ghép từ chữ Tân trong tên huyện Tân Biên và chữ Châu trong tên huyện Dương Minh Châu.

Ngày 13 tháng 5 năm 1989, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 48-HĐBT[1]. Theo đó:

• Thành lập huyện Tân Châu trên cơ sở tách 8 xã: Tân Đông, Tân Hiệp, Tân Hội, Tân Hưng, Tân Phú, Tân Thạnh, Thạnh Đông, Thạnh Nghĩa của huyện Tân Biên và 2 vùng kinh tế mới Tân Thành, Suối Dây của huyện Dương Minh Châu
• Chia xã Tân Đông thành 2 xã Tân Đông và Suối Ngô
• Thành lập 2 xã Tân Thành và Suối Dây trên cơ sở 2 vùng kinh tế mới.

Sau khi thành lập, huyện Tân Châu có 95.118 ha diện tích tự nhiên và 46.131 người, gồm 11 xã: Suối Dây, Suối Ngô, Tân Đông, Tân Hiệp, Tân Hội, Tân Hưng, Tân Phú, Tân Thành, Tân Thạnh, Thạnh Đông, Thạnh Nghĩa.

Năm 1991, chuyển xã Tân Thạnh thành thị trấn Tân Châu - thị trấn huyện lỵ huyện Tân Châu và sáp nhập xã Thạnh Nghĩa vào xã Thạnh Đông.

Ngày 28 tháng 5 năm 1994, chia xã Tân Đông thành 2 xã: Tân Đông và Tân Hà; chia xã Suối Ngô thành 2 xã: Suối Ngô và Tân Hòa[2].

Ngày 12 tháng 1 năm 2004, huyện tiếp nhận thêm một phần diện tích và dân số của xã Suối Đá, huyện Dương Minh Châu chuyển sang.[3]

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, huyện Tân Châu có 111.112 ha diện tích tự nhiên và 101.915 người.